The Admiral berpusat pada tokoh Yi Sun-shin (Choi Min-sik), seorang komandan yang dipermalukan dari angkatan laut Dinasti Joseon. Dia dipenjara dan disiksa karena gagal menetralisir agen ganda Jepang dalam pasukkannya. Dia dipanggil kembali ke jabatannya ketika terjadi invasi kedua dari Jepang sekitar tahun 1597.
Yi harus menghadapi kenyataan kekuatan angkatan laut Korea yang sangat menyedihkan, hanya terdiri dari 12 kapal perang rusak yang terjadi selama pertempuran besar ketika ia dipenjara. Yi memiliki waktu yang sedikit untuk menyatukan para pelautnya, mempersiapkan kapal perang dan merancang pertahanan terhadap armada Jepang yang berjumlah lebih dari 300.
Menyadari bahwa walaupun melawan kekuatan yang besar, Korea memiliki keunggulan strategis yaitu penguasaan terhadap wilayah Korea, Yi kemudian mengirimkan mata-matanya untuk memastikan besar kekuatan dan konfigurasi armada Jepang yang dipimpin oleh bekas musuhnya, Laksamana Wakizaka (Cho Jin-woong).
Namun fakta yang mereka temukan membuat bingung, bahkan bagi Yi sendiri, yaitu fakta bahwa Wakizaka telah dikesampingkan oleh kedatangan Kurushima (Ryu Seung-ryong), seorang “bajak laut” yang ditunjuk oleh penguasa Jepang untuk mengobarkan pertempuran melawan Yi. Sementara kapal Wakizaka bertugas memberikan dukungan ketika tentara mereka dipaksa ke darat menuju pusat pemerintahan sementara waktu.
Yi memutuskan untuk memerangi Jepang dalam pertarungan sampai akhir di selat Myeong-Nyang di lepas pantai barat daya Semenanjung Korea, sebuah wilayah yang dia ketahui sebagai wilayah dengan cuaca yang sering berubah dan arusnya yang berbahaya.
Laksamana YI mempersiapkan senjata besar yang mampu memuat puluhan peluru mematikan di atas beberapa kapal Korea yang tersisa dan dengan berani berlayar membawa kapalnya keluar untuk menghadapi lawan-lawannya, dengan penuh ketidakpastian apakah tipu muslihat dan keberanian pasukannya akan cukup untuk menarik angkatan laut Jepang masuk ke dalam perangkapnya.